Hacienda Santa Inés fue fundada en el siglo XVI por Diego Caballero quien recibió directamente la extensión de tierra por parte del virrey de la Nueva España.
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Durante esa época el azúcar era considerada el oro blanco por su alto auge y Morelos, por su clima, era un lugar muy conveniente para su cultivo. Diego junto con su esposa Inés Velasco, deciden hacer de la Hacienda un ingenio azucarero. Al no poder tener hijos la pareja decide (en su testamento) dejar la Hacienda como un respaldo económico para que las mujeres de bajo recursos pudieran entrar al convento donde se les exigía una dote para formarse cómo monjas. Al morir Inés en 1668, dicho convento pasó a ser propiedad de las monjas.

Durante muchos veranos la Hacienda Santa Inés fue un lugar vacacional y de convivencia para su siguiente dueño Don Agustín Robalo,quien fue mentor del gran escritor y cónsul de México; Ignacio Manuel Altamirano (escritor de la novela "El Zarco").

Cuenta la leyenda…que durante la guerra de independencia Don José María Morelos y Pavón utilizó los antiguos túneles de la Hacienda Santa Inés para escapar del sitio en Cuautla. El andar histórico de la Hacienda es inigualable pues sus muros han visto pasar grandes momentos de la historia en México como el Virreinato Español, la guerra de Independencia, la Revolución y muchas más anécdotas que han marcado la historia. En 2004, tras muchos años de abandono, Santa Inés fue rescatada por un grupo de inversionistas que se dieron la tarea de recrear los escenarios de antaño.